Les universités et les autres établissements publics d'Enseignement supérieur disposent d'une Agence comptable dont le titulaire rend directement compte à la Cour des comptes.
L'Agent comptable de l'université ou de l'établissement public de l'enseignement supérieur est nommé par arrêté du Ministre chargé des Finances pris sur proposition du Directeur chargé de la comptabilité publique.
Nommé par arrêté du Ministre des Finances, sur proposition du Directeur de la comptabilité publique, l'Agent comptable assume plusieurs responsabilités essentielles :
- Recouvrement des recettes,
- Paiement des dépenses,
- Garde et conservation des valeurs appartenant ou confiées à l'établissement,
- Maniement des fonds et des mouvements de comptes de disponibilité,
- Conservation des pièces justificatives des opérations et documents de comptabilité,
- Tenue de la comptabilité du poste qu'il dirige.
L'Agent comptable est assujetti aux règles communes à tous les comptables publics en matière de désignation, installation, incompatibilités, responsabilités, contrôle et sanctions, telles qu'elles sont fixées par la réglementation en vigueur, notamment par le décret n°62-195 du 17 mai 1962 portant réglementation concernant les comptables publics et les textes pris pour son application.
Sa responsabilité s'exerce sans préjudice de l'application des règles disciplinaires, civiles, administratives ou pénales et éventuellement des sanctions qui peuvent lui être infligées par la Cour des comptes.
L'Agent comptable est également pécuniairement responsable de la conservation des titres, créances et valeurs appartenant à l'Université et aux établissements publics de l'enseignement supérieur qu'il a pris en charge dans sa comptabilité.
Les fonds de l'Université et des autres établissements publics de l'enseignement supérieur, doivent être déposés au Trésor, dans les établissements financiers ou à la CEAO, conformément aux lois et règlements en vigueur.